Le chakra bleu
Tout les ninjas ninjas qui possèdent un chakra bleu signifie qu'ils savent utiliser leur chakra afin de réaliser des ninjutsu. Cependant, dans certains ninjutsu ils faut utiliser une énorme quantité de chakra pour le réalisé. Tous les ninjas ne disposent pas de la même réserve de chakra, quand un ninjas n'a plus de réserve de chakra, elle ne peut être renouvelée que par le repos.
Le chakra vert
Trés peu de ninja possèdent un chakra vert, ce chakra permet de guérir des bléssures. Certaines personnes comme Tsunade ou son assistante, Shizune, sont passés maitres dans l'arts d'utiliser ce chakra et se sont des guérisseurs particulièrement efficaces. D'autres, comme Kabuto, s'en servent pour infliger des blessures interne à leurs ennemi
Le chakra rouge
Ce chakra là est le chakra de Kyubi, le démon a neuf queues scellé dans le corps de naruto, il y a que lui qui peut s'en servir. Ce chakra est d'une puissance phénoménale et imcomparable !! En effet quand Naruto parvient à le maitriser, ou lorsque Kyubi prend le dessus, on peut le voir à l'oeil nu. On ne connait ni la puissance de ce chakra ni les réserves dont il dispose mais celle-ci doit être illimiter.
Le chakra mauve
Ce chakra ne peut être utilisé que par les personnes qui ont le sceau maudit d'Orochimaru et qu'il y ont survécus. Lorsque le possésseur s'en sert, l'utilisateur se couvre de marque noire et sont chakra devient visible à l'oeil nu. Ce type de Chakra est extrêmement dangereux et trés puissant. Quelqu'un qui utilise trop ce chakra apres avoir été marqué, perd son hummanité et devient un esclave d'Orochimaru.